基質栽培約占無土栽培總面積的百分之九十以上，國內基質栽培以復合基質的槽式和袋式栽培為主。現就介紹一下無土栽培基質的消毒與更新：
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1、基質消毒
基質在經過栽培一茬或者二茬作物之后，一般需要進行消毒后方可繼續使用。根據多年實踐和經驗，采用高錳酸鉀熏蒸的效果較好，操作簡便，成本較低，并很快可以投入使用。
把基質平鋪在水泥地面上，厚度約三十五厘米，長度不限，寬度不要超過四米。在基質上交錯畫溝，然后覆蓋0.12mm以上的薄膜，按照每一千升基質用80~100毫升甲醛，40~50克高錳酸鉀的比例，將高錳酸鉀放入廣口玻璃瓶中，約每隔一米放一瓶，固定在基質溝里，再把甲醛分別擺放在高錳酸鉀瓶子旁。
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基質消毒過程中至少需要四人以上配合，具體人數根據需要消毒的基質數量來決定。兩邊同時同方向操作，把甲醛倒入盛高錳酸鉀的瓶子內，迅速覆蓋薄膜并由另一個人用細沙軟土壓在薄膜邊緣防止漏氣。密封24小時后，打開包膜通風24小時以上即可使用。
除此之外，在夏季利用高溫天氣，覆蓋薄膜增溫至65度左右保持一個星期，或者冬天最冷的時候露天凍兩個月也有一定的消毒作用。
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2、基質更新
基質使用兩三茬之后，有機基質已經腐爛，作物的殘根也有很多，也積累了很多鹽分。若是還要繼續使用，就需要進行過篩，濾去殘根枯葉，再用大水浸泡洗掉鹽分，晾曬至含水量在百分之六十左右進行藥物熏蒸消毒。
消毒后的基質還需要添加新的透氣性好的新基質，混合攪拌均勻后才能繼續使用。