1.根部溫度管理
作物根系生長和吸收養分的適宜溫度一般在18～25℃之間，冬季當室溫降到15℃左右時，基質栽培中的溫度也降到13～15℃，由于根系生長并不需要溫差，溫度過低很快影響根系活力，導致蔬菜生長緩慢和葉片黃化；夏天當室溫達35℃甚至更高時，的溫度就會超過30℃，引起根系呼吸過于旺盛而缺氧，并迅速引起根系和植株莖葉的衰老。
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2.基質隔離保護
基質栽培為了提高保水、保肥能力，一般都應有保護基質和根系的容器，槽式及溝式培也必須用薄膜隔離土壤，以免根系扎入土中和引起水肥滲漏。但為了防止根部積水，底部需要保留少量排液孔，還要考慮廢液的回收利用，以免造成地下水的硝酸鹽污染。
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基質表面不覆蓋（保濕），夏秋高溫季節很容易引起表面的鹽分積累和引起藻類滋生，進而引起根部透氣不良。有機生態型無土栽培和常規敞開槽式基質栽培都存在鹽分積累問題，應該采用具隔熱并保濕的材料覆蓋根基表面。
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3.供液設施
基質栽培一般都采用滴灌供液，由于北方水質鈣鎂離子含量高，加上營養液本身的多種礦物質離子的存在，生產上容易出現滴灌設施堵塞現象，尤其是微孔滴管設施，堵塞的頻率就更高。