無土育苗各種蔬菜所用基質和肥料是不一樣的，但考慮到實際情況，現在所用的都是通用配方，即一種基質可以種植多種作物，各種作物都可以使用有機生態型無土栽培專用肥，只是肥料用量不同。
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1、根據育苗時間長短，育苗專用肥用量為每方基質加5～8千克。松樹鋸末的發酵和水洗是兩個概念，水洗是發酵后進行的，因為松樹鋸末自身的特點（含松節油等），發酵后可能仍含有有害物質。
2、為了防止作物種植后出現問題，所以發酵后用水進行沖洗，盡量減少有害物質的含量。建議基質豐富的時候多準備一些是因為各種基質的特點，如秸稈的產生具有季節性，鋸末的發酵具有長期性，為了保證生產的正常進行，減小不必要的投入。
3、至于基質的保存期，主要決定于基質的含水量，風干基質可以保存很長時間，一般幾年沒有問題，但如果所保存的基質含水量大，基質將接著發酵，這會影響基質的透氣性等，保存期將極大縮短。
4、秸稈堆腐前的準備：作物秸稈可選用小麥秸、玉米秸等作物秸稈，秸稈量應大于栽培槽體積的2倍，準備小麥秸的體積40 立方米以上，先將秸稈切碎，長度小于4厘米，然后用水浸潤備用。
5、采用秸稈復合微生物制劑堆腐發酵秸稈。牛糞4立方米，在秸稈堆腐前一周，與秸稈腐熟菌摻混，使秸稈腐熟菌在牛糞中擴繁。尿素的用量約為秸稈量的0．5％，40 立方米秸稈需25千克的尿素。