采用無土栽培需要多學科的知識和技術，尤其要注意選用適宜的農藥品種及正確掌握使用方法，避免對工作人員造成危害，保護生產者和消費者的利益，生產無公害蔬菜或有機蔬菜。
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1、癥狀：新建的無土栽培蔬菜生產場如采用智能化調控溫室進行無土栽培，剛開始生產時植株健壯，但生產半年至1年后，即見一些蔬菜如萵苣、小白菜、油菜、菠菜、黃瓜、甜瓜等均染有嚴重的根腐病，根部開始變褐腐爛，生長不良、矮化、萎凋死亡。
2、傳播途徑和發病條件：從理論上講如能在無菌條件下進行無土蔬菜栽培，應該是無病害發生的。但生產上問題出在周圍的環境不是無菌的，病原菌可來自水、種子、風、塵土、昆蟲、操作人員等，為明確這個問題，在無土蔬菜栽培場正常運行2個月之際，從根部沒有分離到病原菌，然而2個月后從窗戶不銹鋼網上搜集的風吹來的塵土中分離得到了腐霉菌，半年后即見此溫室無土栽培蔬菜已染根腐病，病根在營養液中產生大量孢子囊和游動孢子，使鄰株及同水槽中的健株染病，致植株矮化或死亡。
3、防治方法：完善基礎設施。蔬菜根腐病發生與否與采用的設施、培養方法、衛生管理措施等密切相關。栽培床最好選用封閉式且高于地面，貯液池要加蓋，以防環境中的病菌侵入。營養液槽或工具可用酒精擦抹消毒，排液溝要保持暢通、嚴防病菌通過廢液回流到栽培床中，造成重復侵染；播種前種子要消毒。采用干熱滅菌保持恒溫70~72℃處理72小時，也可用53~55℃溫水浸種20~30分鐘或30%惡霉靈可濕性粉劑800倍液浸種1小時，均可有效地殺滅種子上的病菌；選用無土栽培法培育的菜苗，不僅定植時緩苗快，還可減少病菌侵染；防止立枯病用30%苯醚甲·丙環乳油3000倍液浸黃瓜、甜瓜種子6小時，帶藥催芽直播，可有效防治立枯病兼治根腐病。
要注意加強衛生管理，保持營養液干凈，地上鋪碎石，溫室外植草坪，禁止閑人入內，避免風吹塵土入內，工作人員要用消毒水清洗手腳，避免不必要的污染，有條件的要常更換新鮮營養液，以避免液體流動，導致水傳病害的大面積傳播。