我國溫室無土栽培形式主要有水培、營養液基質培、有機生態型無土栽培等形式，在智能溫室基礎上的水培及有機生態無土栽培已經被廣泛應用。威脅無土栽培蔬菜的病害主要分為生理病害及傳染性病害兩大類。在防治無土栽培病害的過程中，應秉持排除病害、避開病害和利用病害三大原則。
一、種子消毒。可以利用干熱滅菌，比如用53至55℃溫水浸種二十至三十分鐘，可以清除種子上的病原菌。
二、營養液槽和工具消毒。可以用濃度為75%的酒精或高錳酸鉀50~100倍液消毒營養液槽和工具，防止有存活的病原菌留下隱患。
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三、溫室和設備的消毒。在種植前，溫室內外要清除所有的植物殘體，地面上鋪上干凈的塑料薄膜隔離土壤。每立方米用4g高錳酸鉀、4g甲醛消毒，密閉24小時后通風，等到藥劑發揮干凈后開始種植。栽培設施和器具可以用中性次氯酸鈣1000倍液浸泡或者流動沖洗一至兩天的方式消毒，消毒后要用清水沖洗掉殘液。
四、營養液的消毒。可以采用物理消毒、化學消毒或者殺菌劑處理等方法。物理方法主要有過濾、紫外線滅菌、超聲波處理等，化學方法主要有農藥和臭氧處理等。
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五、工作人員的清潔衛生。工作人員在出入溫室時，要在門口的消毒槽中的浸有消毒液的泡沫墊上踩一踩，同時要注意的是工作人員不可以用水池中的營養液洗手。
對于無土栽培蔬菜的傳染性病害可以利用輪作來減少前期作物留下的病原菌帶來的危害。另外，在營養液中栽培瓜類作物時，進行嫁接也可以起到抗枯萎病的作用。
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