病菌可在種子上及病殘體上越冬。在田間借風雨或灌水傳播，從甜椒葉片傷口侵入。重茬地和與白菜等十字花科蔬菜連作地塊發病嚴重。
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1、病害
（1）種類：甜椒常見的病害主要有立枯病、猝倒病、病毒病等種類。
（2）防治方法：立枯病以及猝倒病一般可以在定植后的7天左右，用多菌靈500-700倍液進行灌根處理；病毒病可以用50%抗蚜威2000-3000倍液噴霧防治。
2、蟲害
（1）種類：蚜蟲是甜椒生長過程中常見的蟲害，通常不僅會影響甜椒的生長，還會傳播病毒病。
（2）防治方法：一般可用黃板進行誘殺。