水培或巖棉培番茄宜用巖棉塊或聚氨酯泡沫育苗，其他基質培方式多采用育苗缽或穴盤育苗，育苗基質與裁培基質可完全相同也可不同。播種后在27~30℃下經5 d出苗。出苗后宜保持床溫20~25℃，室溫白天25~28℃、夜間15~16℃為最好。
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1.移苗在第一真葉期最適，移苗之后的育苗缽或育苗塊密集排列于育苗床上，隨著苗的長大，逐漸擴大株距。營養液配方可用山崎番茄配方或園試配方濃度的1/2稀釋液，一般在播種后第7天開始澆灌。
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2.凡在夏、秋季節延遲裁培的秋番茄或越冬長季節栽培的番茄，宜以幼齡苗定植為好，可維持其必要的生長勢增加產量:而在適溫期定植的春番茄，則以大苗定植為宜。
3.定植時要注意有苗床的營養液與種植槽中營養液的溫差不能超過5℃，否則易引起根系傷害。