1、技術(shù)繁瑣
了解基本的理論，綜合應用其他知識，水培蔬菜并不難，但有很多細節(jié)需要用心處理。水、肥、溫、光、氣、病、蟲各方面，種、苗、花、果各階段，都有很多事情要做。
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2、初期難上手，影響信心
因為繁瑣，初期會碰到不少困難，如果沒有信心，很可能就放棄了，淺嘗則止.最終體會不到豐收的快樂.
3、初期投入較多
能達到實用程度的水培裝置，各方面都要注意到，因此往往是一套設備或材料，相對盆栽只需要一點土、一個花盆或其他容器而言，初期投入要多很多。容易讓人望而生畏。其實只要能動手，生活中好多材料可利用，除必須的外購設備，多數(shù)可DIY出來，而且這些設備可長期使用，綜合來看，成本還是不高，或是劃算的。目前武漢快樂農(nóng)場園藝有限公司就提供適合家庭陽臺不同規(guī)格型號的水培專用設施。
4、離完全的有機食品有差距
水培蔬菜，如果不作控制，會導致硝酸鹽、亞硝酸鹽的超標。因此要勤施少施，每一茬就更換一次新的營養(yǎng)液。水培蔬菜與有機食品的標準還有一定差距。但是現(xiàn)在大田種的東西，過量施用化肥甚至有機肥，一樣也可能導致硝酸鹽、亞硝酸鹽的超標，而且肯定會有農(nóng)藥殘留的問題。在販運過程中，小販噴的水，難免會有細菌的污染。
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因此水培種植相對來講還是比較安全的種植方式之一，在目前比較火熱的陽臺種植資材里面占有很大的市場份額，深受廣大陽臺種菜愛好者的稱道。