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土培條件下，淹水會使土壤通氣性下降，根際氧含量降低，土壤氧化還原電位過低。土壤氧化還原電位太低，土壤有機質分解變慢養分供應能力會下降，嫌氣分解產生大量有機酸會抑制根系呼吸作用。土壤長期的低氧化還原電位還會使Fe、Mn有效性增加造成根系毒害，硫化氫和丁酸積累也會抑制根系生長。根系長期生長受抑制，長期被毒物毒害，就會造成細胞壞死、凋亡，呈現出黑褐色的爛根癥狀，俗稱淹水漚爛。

水培條件下，營養液的成分通常簡單，沒有過多復雜的土壤有機物，只有必須的大量、中微量礦質營養。而且水培是要換水的！水培通常三到五天就要換一次水，不然水會臭，會有藻類和其他微生物滋長。因此，正規的水培條件下來不及積累大量的硫化氫等有害物質，水有一定的氧溶解量，通過換水可以供應植物根系需要的氧氣。

另外，土壤的成土母質成分并不單一，不同母質差別大，但淹水都會使土壤中的次生黏土礦物中Fe、Mn有效性升高甚至過量造成毒性增強，水培條件下的培養液不含鎘、砷、鋁等毒物，Fe、Mn、Cu、Zn等微涼元素的含量也控制在適宜水平遠不會因為環境變化造成過量或毒害。